BioElephantは、お客様のご要望に応じてフレキシブルにシステムの構成や、モジュールの追加を行うことが可能です。
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TargetMineは国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所バイオインフォマティクスプロジェクトにおいて開発された製品です。国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所のTargetMineウェブサイトhttp://targetmine.mizuguchilab.org/で一般向けに公開されています。 |
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タンパク質、遺伝子、相互作用、医薬品、疾患などなど、創薬研究を中心として、広くバイオインフォマティクスのデータベース30種以上(2015/4現在)のデータが統合され、TargetMineに組み込まれています。
＜タンパク質（機能、立体構造）＞
| Category | Data Set |
|---|---|
| タンパク質 | UniProt |
| ドメイン | InterPro |
| タンパク質立体構造情報 | wwPDB |
| タンパク質構造配列情報 | SIFTS |
| 構造分類 | SCOP |
| 構造分類 | CATH |
| タンパク質構造ゲノム解析 | Gene3D |
| 酵素 | ENZYME |
＜相互作用、パスウェイ＞
| Category | Data Set |
|---|---|
| 相互作用 | BioGRID |
| 相互作用 | iRefIndex |
| パスウェイ | NCI Pathway Interaction Database |
| パスウェイ | Reactome |
| 転写制御因子 | ORegAnno |
| 転写制御因子 | Amadeus |
| 転写制御因子 | HTRI Database |
＜疾患情報＞
| Category | Data Set |
|---|---|
| 疾患オントロジー | Disease Ontology |
| 疾患オントロジーアノテーション | Disease Ontology Annotation |
＜遺伝子＞
| Category | Data Set |
|---|---|
| 遺伝子 | NCBI Gene |
| 遺伝子変異情報 | NHGRI GWAS Catalog |
| microRNA | miRBase |
| microRNAターゲット間相互作用 | miRTarBase |
| プローブ情報 | NetAffx Annotation Files |
| 遺伝子オントロジー | Gene Ontology |
| 遺伝子オントロジーアノテーション | UniProt GOA |
| 遺伝子オーソロジー | TargetMine's mapping |
＜医薬品、医薬品ターゲット情報＞
| Category | Data Set |
|---|---|
| 医薬品ターゲット相互作用 | DrugBank (注) |
| 医薬品ターゲット相互作用 | DrugEBIlity |
＜化合物＞
| Category | Data Set |
|---|---|
| 化合物 | PubChem BioAssay |
| 化合物 | ChEBI |
| 化合物 | ChEMBL |
| 化合物 | Ligand Expo |
注意) 各データベースのライセンスは、本製品には含まれていません。
以下の製品については、別途提供者とライセンス契約を締結する必要があります。
・DrugBank … http://www.drugbank.ca/about
２つの検索方法を使えます
データリストを入力すると、そのデータリストの特徴を抽出するエンリッチメント解析ができます！
マイクロアレイのデータ、NGSのデータ、etc。実験はしてみたけれど、あまり活用できていないデータはありませんか？TargetMineにお手持ちのデータを入れれば、それらのデータと世界の研究者の知見とをドッキングさせて、価値のある情報を抽出することができます。TargetMineに既にあるタイプのデータに追加してデータを投入することや、新たなタイプのデータを追加することも、弊社にお任せ下さい！
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