エピゲノムとは？

DNAのメチレーションの状態を、ゲノムワイドで解析したものです。メチレーションは転写制御やリプログラミングに関わっている、現在とてもホットな分野です。

実験

エピゲノムを解析するための手法は以下のように多数開発されており、それぞれ一長一短があるようです。また、手法ごとに、求められるアルゴリズムも異なっています。

これらを含めたメチレーション解析の方法が、最初の参考文献にまとめられています。

バイサルファイトシーケンス

他のエピゲノム解析手法のデータはChIP-Seq用のツール等を流用することで原則解析できますが、バイサルファイトシーケンスには特殊なソフトが必要です。バイサルファイトシーケンスでは、以下の図のようにメチル化されていないシトシンはウラシルに変換されますが、メチル化されたシトシンは変換されにくいことを利用します。しかし、シーケンスされたリードでは、非メチル化Cの箇所がTとなってしまうため、そのままではミスマッチとなり上手くマッピングできません。

ソフトウエア

バイサルファイトシーケンスのためのソフトウエアでは、非メチル化シトシンの箇所で、リファレンスがCであるのに対して、リードではTとなっているため、これらを上手くマッピングするための工夫がされています。