バイオインフォマティクス関連の"使える"ツールをご紹介しています。

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便利ツール紹介

バイオ研究者の方にとって"使える"ツールをご用意しました。

ホモロジーサーチ

BLAST

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

FASTA

http://fasta.genome.ad.jp/

配列アライメント

ClustalW

ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/

配列編集

GeneDoc

http://www.psc.edu/biomed/genedoc/ (Windows用)

SeqPup

http://iubio.bio.indiana.edu/IUBio-Software+Data/molbio/seqpup/ (Mac用)

系統樹の作成と表示

TreeView

http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

Phylip

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

文献検索

PubMed

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

遺伝子ネットワーク

KEGG

http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

プロモーター予測

BDGP

http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html

PromotorScan

http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/

ドメイン検索

SMART

http://smart.embl-heidelberg.de/

Pfam

http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/index.shtml

モチーフ検索

MotifScan(PROSITE)

http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN

MOTIF

http://motif.genome.ad.jp

立体構造データベース

PDB

http://www.rcsb.org/pdb/

SCOP

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

二次構造予測

PREDATOR

http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/predator-simple.html

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