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TargetMine

TargetMine

TargetMineは国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所バイオインフォマティクスプロジェクトにおいて開発された製品です。国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所のTargetMineウェブサイトhttp://targetmine.mizuguchilab.org/で一般向けに公開されています。

文献情報:Yi-An Chen, Lokesh P. Tripathi, Kenji Mizuguchi (2011) TargetMine, an Integrated Data Warehouse for Candidate Gene Prioritisation and Target Discovery. PLoS One 6(3): e17844.

バイオインフォマティクスに関する30種以上(注)のデータベースを統合 (注: 2015/4現在)

タンパク質、遺伝子、相互作用、医薬品、疾患などなど、創薬研究を中心として、広くバイオインフォマティクスのデータベース30種以上(2015/4現在)のデータが統合され、TargetMineに組み込まれています。

<タンパク質(機能、立体構造)>

Category Data Set
タンパク質 UniProt
ドメイン InterPro
タンパク質立体構造情報 wwPDB
タンパク質構造配列情報 SIFTS
構造分類 SCOP
構造分類 CATH
タンパク質構造ゲノム解析 Gene3D
酵素 ENZYME

<相互作用、パスウェイ>

Category Data Set
相互作用 BioGRID
相互作用 iRefIndex
パスウェイ NCI Pathway Interaction Database
パスウェイ Reactome
転写制御因子 ORegAnno
転写制御因子 Amadeus
転写制御因子 HTRI Database

<疾患情報>

Category Data Set
疾患オントロジー Disease Ontology
疾患オントロジーアノテーション Disease Ontology Annotation

<遺伝子>

Category Data Set
遺伝子 NCBI Gene
遺伝子変異情報 NHGRI GWAS Catalog
microRNA miRBase
microRNAターゲット間相互作用 miRTarBase
プローブ情報 NetAffx Annotation Files
遺伝子オントロジー Gene Ontology
遺伝子オントロジーアノテーション UniProt GOA
遺伝子オーソロジー TargetMine's mapping

<医薬品、医薬品ターゲット情報>

Category Data Set
医薬品ターゲット相互作用 DrugBank (注)
医薬品ターゲット相互作用 DrugEBIlity

<化合物>

Category Data Set
化合物 PubChem BioAssay
化合物 ChEBI
化合物 ChEMBL
化合物 Ligand Expo

注意) 各データベースのライセンスは、本製品には含まれていません。
以下の製品については、別途提供者とライセンス契約を締結する必要があります。
・DrugBank … http://www.drugbank.ca/about

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GUIで簡単に検索を実行

2つの検索方法を使えます

テンプレートクエリー
“miRNAのIDを入力して、標的の遺伝子を検索する”のような、頻繁に利用されるクエリーがあらかじめ多数用意されており、すぐに検索をはじめることができます。
クエリービルダー
テンプレートクエリーに無い場合は、あなたのクエリーをゼロベースで自由自在に作成して実行することができます!

エンリッチメント解析

データリストを入力すると、そのデータリストの特徴を抽出するエンリッチメント解析ができます!

エンリッチメント解析について
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TargetMineで、手持ちのデータを有効活用

マイクロアレイのデータ、NGSのデータ、etc。実験はしてみたけれど、あまり活用できていないデータはありませんか?TargetMineにお手持ちのデータを入れれば、それらのデータと世界の研究者の知見とをドッキングさせて、価値のある情報を抽出することができます。TargetMineに既にあるタイプのデータに追加してデータを投入することや、新たなタイプのデータを追加することも、弊社にお任せ下さい!

TargetMineで、手持ちのデータを有効活用

推奨環境 (Sys. Req.)

推奨スペック
OS Linux
CPU Intel Xeon 2.2GHz 以上
メモリ 4GB以上
HDD 1TB以上
DBMS PostgreSQL
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