SISNIPERは従来の設計手法+最新の研究成果+実験結果のフィードバックにより高い的中率を実現しています。

三菱スペース・ソフトウエア
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SISNIPER

SISNIPERは、siRNA配列設計システムです。
従来の設計手法だけでなく、最新の研究成果(Off Target Effectなど)を取り込み、さらに実験結果をフィード バックすることで高い活性を持ったsiRNA配列を高精度で設計することができます。

siSNIPERロゴ
活用事例紹介
本ソフトウエアは経済産業省『平成15~16年度 地域新生コンソーシアム研究開発事業』の助成を受けて開発されました。

特長 (Features)

高い予測精度

今までのsiRNA配列設計手法は、生化学者の経験則から生まれたものがほとんででしたので、的中精度が低いという問題点がありました。 SISNIPERは確率・統計学、バイオインフォマティクス、分子生物学のそれぞれの専門スタッフが知識を結集して作成したアルゴリズムを実装 することで、高い的中率を実現しています。


実験データのフィードバック

設計精度を向上させるために、ジェノミディア(株)社が保有するハイスループット解析技術によって得られた実験データを利用しています。 実験データをフィードバックすればするほど、設計精度が向上される仕組みです。


設計を中心としたサービス

SISNIPERとBioINTEGRAを連携することで、siRNAを使った研究を総合的に支援するようなシステムを構築することができます。

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機能説明 (Tech. Spec)


GC Score

実験データから得られた、siRNAのGC含有率と活性との関係によるスコア化

Load Score

siRNA内部のエネルギー的な安定性により生じる偏りを利用

Position Score

ターゲットのmRNA中での位置と活性の高さとの関係によりスコア化

Specificity Score

ゲノム中での配列の特異性をスコア化して、Off-target effectを回避

Profile Score

活性のあったsiRNAに共通する配列の特徴を表すプロファイルを利用

GC Score

siRNAのGC含有率が30%~50%の時にsiRNAとしての活性は最も高くなります。このGC含有率をスコア化しています。


Load Score

siRNA内部のエネルギー的な安定性に偏りがある場合、片方のRNA鎖だけが優先的にRNAi経路に利用される現象(Strand bias)が報告されています。
この内部エネルギーの偏りをスコア化します。

Load Score
(*:Cell vol.115, 199-208)

Position Score

遺伝子中の位置と活性の高さとの関係をスコア化しています。


Specificity Score

siRNA配列の、ゲノム配列中における特異性をスコア化します。
siRNAの配列と同等の配列が他の遺伝子中に存在した場合、標的とした遺伝子以外の遺伝子に対する影響(off-target effect)により、データとしての信頼性が低下することを防ぎます。

Specificity Score

Profile Score

活性のあったsiRNAに共通する配列の特徴を表すプロファイルを利用しています。
siRNAの配列がこのプロファイルと一致するほど、活性が期待できます

Profile Score

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デザイン精度

実証実験データ 相関図
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オプションおよびカスタマイズ (Option & Customize)

遺伝子ファミリーの各遺伝子について特異的なsiRNAの設計
ある遺伝子ファミリーの中のすべての遺伝子に共通して作用するsiRNAの設計
ゲノムシークエンス中に含まれる1~複数遺伝子に対するsiRNAの設計
発現ベクター別最適siRNA配列デザイン
中活性 (活性50%) のsiRNA配列デザイン
ネガティブコントロールの設定

その他、ご相談下されば専門のスタッフが柔軟に対応致します。



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比較優位性

比較優位性
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カスタムsiRNA合成サービス

SISNIPERを用いた配列デザイン プラス siRNAのカスタム合成 は以下より受付中です。

株式会社ニッポンジーン

SISNIPERによる配列デザイン+ニッポンジーンによるカスタム合成  “Gene Swatter siRNA”

株式会社ジーンデザイン

SISNIPERによる配列デザインサービス  “siRNA配列デザインサービス”


設計+合成のサービスは上記企業にお問い合わせ下さい。


推奨環境 (Sys. Req.)


OS RedHat Linux(IA-32)
CPU Intel Xeon 2.4GHz以上を推奨
メモリ 1GB以上を推奨
HDD 60GB以上(OS+本S/W、BLAST用データベースを含まず)を推奨
DB PostgreSQL
Webブラウザー Netscape 6以上、Internet Explorer 5.5以上
その他のOS,ブラウザーに関してはお問い合わせください。
お問い合わせ
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