BioINTEGRA PowerGene DBはMSSのBioINTEGRA、MedRodeoとワールドフュージョンのLSKBを組み合わせ、DNAマイクロアレイ研究に最適な情報を集めたデータベースです。

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BioINTEGRA PowerGene DB

BioINTEGRA PowerGene DBは三菱スペース・ソフトウエアのBioINTEGRAMedRodeoとワールドフュージョンのLSKB(Life Science Knowledge Bank)を組み合わせ、DNAマイクロアレイ研究に最適な情報を集めたデータベースです。さらに遺伝子を中心に収集した情報は、DNAマイクロアレイのみならず、さまざまなオーミックス研究に有効です。

*BioINTEGRA PowerGeneデータベースには、ヒト・マウス・ラッ トの情報を集録しています。その他の生物種についてはご相談ください。

BioINTEGRA PowerGeneDB
活用事例紹介

概要

データ構成図

LSKBをベースに、ヒト・マウス・ラットの遺伝子情報を搭載、AffymetrixのDNAマイクロアレイプローブ情報をプレインストール済みです。 BioINTEGRA PowerGene DB データ構築図

特長 (Features)

遺伝子辞書機能

遺伝子辞書LSKBをベースにあらかじめDNAマイクロアレイプローブと遺伝子が関連付けられていますので、DNAマイクロアレイ実験結果のアノテーションやアノテーションを使ったマイニングを容易に行うことができます。

豊富なアノテーション

プローブ配列を使ったBLASTにより、より多くのプローブの遺伝子を同定しています。

文献解析による関連語

BioINTEGRA PowerGeneデータベースには文献解析による関連語が収録されています。解析にはMedRodeoを用い、MEDLINE全文献から遺伝子と関連する遺伝子名、疾患名、化合物名、組織名を収集しています。

アノテーションDB

種類 DB名 アノテーション
ブローブ遺伝子 Affymetrix
・HG-U133_Plus_2
・Mouse430_2
・Rat230_2
プローブID、その他
その他、DNAマイクロアレイ Opt.
遺伝子 EntrezGene リンク情報、その他
配列 RefSeq リンク情報、その他
UniGene リンク情報、その他
SwissProt ドメイン、発現部位、その他
代謝 KEGG リンク情報
疾患 OMIM リンク情報
文献 MEDLINE 解析結果
プローブ情報は、配列さえあればデータ生成いたします。

BioINTEGRA PowerGene DB 特徴



・DNAマイクロアレイ製造元のアノテーションに加えて、BLAST検索により同定された豊富なアノテーションを提供します。
・配列さえあれば、同様にBLAST検索によりアノテーションを生成いたします。

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機能説明


BioINTEGRA PowerGene DB 機能説明 遺伝子詳細画面


フィールド検索、インデックス検索とこれらを組み合わせた論理検索式による検索が可能、ナビゲーション機能により、簡単に検索式が生成できます。
検索結果は見やすい一覧表示。検索結果の絞込みも可能です。

検索フィールド

検索フィールド
Accession/ID Probe ID
Symbol ProductID
Gene Name GO
Organism Domain
Related Term  

BioINTEGRA PowerGene DB 機能説明

詳細表示画面には、オーソログ、DNAマイクロアレイプローブ、パスウェイ、発現部位、ドメイン、リンク情報など、豊富なアノテーションを表示します。

また、これらのアノテーションを用いたマイニングにより、遺伝子/プローブ間の共通因子を見つけ出します。
GeneReportの画面例

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搭載済みアノテーション一覧

  • Gene Summary
    -Gene Symbol
    -Gene Name
    -Entrez Gene
    -Unigene
    -Chromosomal Location
    -Species
  • KEGG Pathway
  • NCBI Reference Sequence
    -mRNA
    -Product
    -Definition
    -Summary
  • Ortholog
    -Human
    -Mouse
    -Rat
  • GO Term
    -biological process
    -molecular function
    -cellular componen
  • OMIM
    -MIMID、Type、Title
    -OMIM Online
  • Related Gene
  • Related Chemical
  • Related Tissue
  • Sequence
    -Amino Acid
    -Features
  • Subcellular Location
  • Probe Information
    -Product ID
    -Probe ID
    -TIGR Annotation
    -Physical Map
    -Genetic Marker
    -Probe Sequence
  • External Links
    -Swiss Prot
    -EMBL
    -PIR
    -PDB
    -GlycoSuiteDB
    -Ensembl
    -HGNC
    -H-InvDB
    -MIM
    -LinkHub
    -GO
    -InterPro
    -Pfam
    -PRINTS
    -SMART
    -PROSITE
    -PANTHER
    -MGI
    -RGD

他データベースについてはご相談ください。


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オプションおよびカスタマイズ

自動アップデート

公共データベース自動ダウンロードソフトウエアDr.Mirrorと組み合わせることで、常に最新のデータベースをローカルサーバーに構築できます。

DNAマイクロアレイデータアップローダ

クライアントPCに保存されているDNAマイクロアレイデータをBioINTEGRA PowerGeneデータベースサーバーにアップロードするクライアントツールを提供します。アップロードされたデータは自動的にBioINTEGRA PowerGeneデータベースと照会され、アノテーション付けされます。
現在、Agilent製GeneSpringのプラグインソフトウエアとして提供いたしておりますが、他ツールやカスタマイズについてもご相談ください。

マイニング

アノテーションを使ったマイニングが可能です。例えば、同じ発現パターンを示す遺伝子の共通機能は?といった疑問にお答えします。

BioINTEGRA/MedRodeo/PathwayExpert

弊社取り扱いのさまざまなソフトウエアと連携可能です。配列解析(BioINTEGRA)、文献解析(MedRodeo)、パスウェイ解析(PathwayExpert)。

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推奨環境 (Sys. Req.)


OS Linux
CPU PentiumIII以上を推奨
メモリ 1GB以上を推奨
HDD 32GB以上
DBMS SeqDB(当社独自DBMS)
Webブラウザー Netscape 6以上、Internet Explorer 5.5以上、
Firefox 1.01以上

その他のOSに関してはお問い合わせください。

BioINTEGRA PowerGeneデータベース公開版のご案内

BioINTEGRA PowerGeneデータベースの一部機能を無償でお使いいただけます。

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