MoleShakerは膨大な化合物データを、物性値や構造情報を元にスクリーニング/クラスタリングするシステムです。

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MoleShaker

MoleShakerは膨大な化合物データを、物性値(”Rule of 5”など)や構造情報(SMARTS)を元にスクリーニング/クラスタリングするシステムです。

MoleShaker
活用事例紹介
BioINTEGRAのフレームワーク上で開発されました。

特長 (Features)

スクリーニング

“Rule of 5”などの物性値を計算し、設定された閾値で化合物をスクリーニングします。

BioINTEGRAのフレームワーク上で開発されました。

クラスタリング

fingerprintを元にタニモト係数を計算し、設定されたクラスタ数で化合物をクラスタリングするとともに、系統樹表示を見ながら、クラスタリングレベルを自由に調整することができます。

Daylight TKおよびBCI Clustering Toolを使用しています。

セントロイドおよびメンバ表示

各クラスタのセントロイド(中心的な化合物)を選択することで、構造式とともにメンバ一覧を表示します。

Daylight CGIを使用しています。

機能説明 (Tech. Spec)

化合物スクリーニング

  以下の物性値を計算します。
分子量、チャージ、回転ボンド数、H-bond donor数、H-bond Acceptor数、ClopP値、CMR値、TPSA値
物性値ごとに、MIN-MAXのスクリーニング範囲を設定できます。
物性値ごとのヒストグラムを表示することができます。

WEBブラウザーからのツール実行とパイプライン処理

化合物クラスタリング

  fingerprintをもとに、タニモト係数を計算します。
計算されたタニモト係数をもとに、Ward’s法やK-Means法でクラスタリングします。
全クラスタのセントロイドと、クラスタごとのメンバを一覧表示できます。

WEBブラウザーからのツール実行とパイプライン処理

化合物クラスタリング

  化合物データ(mol形式)の読み込み~クラスタリングまでのすべての操作はWebブラウザー経由で行います。
クラスタリングのように非常に時間がかかる計算は、バッチ処理で実行します。
(結果は、実行ユーザーへメールで通知されます)

mol形式で記述されたファイルであればOKです。

推奨環境 (Sys. Req.)


OS RedHat Linux(IA-32)
CPU Intel Xeon 2.4GHz Dual 以上を推奨
メモリ 1GB以上を推奨
HDD 60GB以上(OS+本S/W+各種解析ツール)を推奨
DB PostrgeSQL
Webブラウザー Netscape 6以上、Internet Explorer 5.5以上
その他のOS,ブラウザーに関してはお問い合わせください。
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