BioINTEGRAはバイオ研究やバイオ教育のプラットフォームです。

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BioINTEGRA

BioINTEGRAは、『統合』と『カスタマイズ』をコンセプトにした製品です。
パッケージ化されたオプション機能とカスタマイズサービス を組み合わせて、研究や業務に応じたツールやデータベースを “Webインターフェース”で統合することができますので、変化しつづけるニーズにも対応可能な共同利用システムとして最適なソリューションです。

BioINTEGRA

特長 (Features)

ご使用の規模に応じた優れたスケーラビリティー

BioINTEGRAは、高価な計算機を必ずしも必要とはしません。数人規模でご使用になるラボレベルの研究システムの場合、1台のPCサーバーで稼動させることも可能です。そのため、安価にご導入いただけます。また大規模なクラスタシステムにインストールすることにより、ユーザー数百人を超えるセンターシステムを構築することもできます。


独自DBMSを採用した低価格設計

高度なインデックス作成機能をもち、配列データベースを構築するのに適した独自データベースシステムである"SeqDB"を内部に採用することにより、高速な検索と安価な価格設定を同時に実現しました。

様々な計算機リソースを共有

ユーザーごとにアカウントとプロパティ(メールアドレスなど)を設定し、計算機リソース(CPU、メモリ、HDD)を共有することができます。

様々な計算機リソースを共有

Webブラウザーからのツール実行とパイプライン処理

Webブラウザーからインタラクティブに操作できる“同期実行”のほかに、バッチ処理のような“非同期実行”をサポートしています。 (ジョブの実行状況はイベントごとにメールでお知らせします)

WEBブラウザーからのツール実行とパイプライン処理

代表的なバイオインフォマティクスツールをプリインストール

BLAST、ClustalW、HMMERをプリインストールしています。 さらに、Dr.Mirrorと接続することで、解析に必要な公共データベースの更新~フォーマットまでを自動的に行うことができますので、最新の検索環境を維持することができます。


インデックスで補間して、キーワードで絞りこみ

“キーワードのフルスペルが思い出せない” そんなときには、インデックス機能がとても便利です。検索フィールド(OrganismやDefinition)ごとに、キーワードを補間することができます。キーワード検索の結果を検索フィールドで絞り込みたい場合に大変便利です。

インデックスで補間して、キーワードで絞りこみ

検索フィールド インデックス検索 キーワード検索
Accession/ID
Definition
Author
Gene Name
Organism
Keyword

複数のツールを続けて実行できる“パイプライン処理”を実現

すべてのツールはWebブラウザーで操作性の統一を図っています。 さらに、BLASTの実行結果をClastalWの入力とするように、ある解析ツールの結果を次の解析ツールの入力として“パイプライン的に” 実行することが出来ますので、わずらわしいフォーマット変換やカット&ペーストは不要です。


オリジナルのBLASTデータベースを簡単作成

キーワード検索の結果やBLAST検索の結果など、解析の結果得られた配列をフォーマットしてオリジナルのBLASTデータベースを作成する”カスタムDB作成機能”により、お客様の研究ニーズに合った独自BLASTデータベースを簡単に作成することができます。

オリジナルのBLASTデータベースを簡単作成操作


リモートメンテナンスによるTOC削減

SSH+ダイアルアップやVPNなどのセキュアな接続形態を構築して弊社からリモートで障害監視を行うことが可能です。

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機能説明 (Tech. Spec)

ユーザー管理

管理者権限でのみ、ユーザー追加/変更/削除することができます。また、ユーザーのアクセス状況をモニタリングできます。
ユーザー名およびパスワードで認証を行います。
プロジェクト形式での研究に対応するために、複数ユーザーが結果を共有できる “ユーザーグループ”を設定することができます。


ジョブ管理

解析ツールは“ジョブ”とよばれる実行形式で処理されます。
投入されたジョブはユーザー(またはユーザーグループ)ごとに管理され、計算ノード上で実行されますので、実行中を示すWeb画面を閉じても影響ありません。
ジョブの実行終了をメールで通知することができます。


キーワード検索

GenBank(ASN.1)形式とUniProt形式をサポートしています。
あいまい検索を含んだインデックス検索が可能です。
AND、OR、NOT を組み合わせた論理式による検索が可能です。


解析ツール実行

ベースパッケージとして、BLAST、HMMER、ClustalWをインストールしています。
(その他のツールやデータベースについては【オプションおよびカスタマイズ】を参照ください)
解析ツールによる実行結果(ジョブ実行結果)を複数組み合わせて、他の解析ツールの入力データにすることが可能です(エントリーごとのAND/OR/NOTの論理演算)。



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オプションおよびカスタマイズ (Option & Customize)

こちらのシートをご参照下さい。

推奨環境 (Sys. Req.)


OS RedHat Linux(IA-32)
CPU PentiumIII以上を推奨
メモリ 512MB以上を推奨
HDD 32GB以上(OS+本S/Wのみ、データベース含まず)を推奨
DB PostrgeSQL、SeqDB(当社独自DBMS)
ミドルウエア LSF
Webブラウザー Netscape 6以上、Internet Explorer 5.5以上、Firefox 1.01以上
その他のOS,ブラウザーに関してはお問い合わせください。
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