MSSのバイオインフォマティクス事業における研究開発実績です。

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研究開発実績

MSSは、バイオインフォマティクス技術をコアにして、大学、公的機関、民間企業との共同で“ゲノム創薬”、“テーラーメイド医療”、 “機能性食品”、“環境・エネルギー”といった最先端の分野の研究開発に積極的に取り組んでいます。研究成果は、論文、学会発表を通じて積極的に発信していきます。



研究開発実績

共同研究

2002~ E-CELLプロジェクト
当社は、慶応大学(政策・メディア研究科)の冨田勝教授が提唱する『細胞シミュレーションでリーダシップを発揮するにはAll Japanで世界に挑戦する!』という理念に共感し、2002年5月からE-CELLコンソーシアムに参加しています。
最新バージョンであるE-CELL3に対して、モデリング手法や操作性の向上といった“シミュレーション環境を充実させる”部分を重点的にサポートしています。

プロジェクト紹介: http://www.e-cell.org
共同研究
2003~ 『Druggable遺伝子予測システム』の開発
三重大学大学院医学系研究科薬理ゲノミクスの田中利男先生との共同研究による“薬理ゲノミクスに基づいた新規治療遺伝子の予測システム”の開発です。
文献情報から既知483治療遺伝子の特徴を抽出してDrugable遺伝子モデルを生成し、未知遺伝子のDrugability(治療遺伝子らしさ)を求めるシステムを構築しています。
2005~ 創薬研究基盤システムの共同研究
株式会社ワールドフュージョンとの共同研究により“創薬研究基盤システム”の開発を行っております。
本成果により“BioElephant”が製品化されました。

国家プロジェクト

2003~2004 『バイオ医薬デザイン用の高精度生体高分子機能予測システム』の開発
IT技術とバイオ技術を融合した、siRNAなどの生体高分子の配列を高精度で予測するためのシステムです。
バイオインフォマティクスを駆使してデザインされた生体高分子を、ジェノミディア社の保有する高速バイオアッセイ技術を用いた実験で計測した後、実験で得られた活性データを設計システムにフィードバックすることで、さらに機能・活性の予測精度を向上させるシステムの開発を目指しています。
本研究は、経済産業省の『地域新生コンソーシアム研究開発事業』の助成を受けており、大阪大学(医学)の金田安史教授と、産総研の湯元昇先生との共同研究です。
2002~ 『検索用配列分類データベースシステム(Hoc-DB)』
急激な増加を続ける配列データベースを効率的に検索するためのデータベースです。
まず、配列の類似性を元にして公共データベースから得られた配列群を幾つかのドメインを分けて近縁なグループに分類します。その後、 グループの代表するような配列を決定して冗長性を排除した上で、構造(PDB)や構造分類(SCOP)といった2次情報を付加して高機能化を図ったデータベースを構築しました。 本研究は、文部科学省のITプログラム『スーパーコンピュータネットワークの構築』の助成を受けています。
プロジェクト紹介: http://www.biogrid.jp
国家プロジェクト
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論文投稿

2003 "バイオインフォマティクスシステム"
谷嶋成樹
人工知能学会誌,Vol.18,No.1,P24-P29(jan 2003)
2004 "比較ゲノムインフォマティクス"
谷嶋成樹、他
ゲノム研究実験ハンドブック(辻本豪三,田中利男/編), 羊土社
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学会発表

2001 "ゲノムデータベース検索システム"
谷嶋成樹
第25回 超並列計算研究会

"バイオインフォマティクス分野におけるソフトウェア・計算機システム"

谷嶋成樹
平成14年 第2回三重ゲノム創薬フォーラム
2002 "バイオインフォマティクスシステム"
谷嶋成樹、他
第42回人工知能セミナー
2003 "Development of HocDB (Homology-based clustering DataBase), a sequence classification system for database searching"
Motokazu Ishikawa et al.
International Conference on Genome Informatics (GIW), 2003

"Development of HocDB (Homology-based clustering DataBase), a sequence classification system for database searching"
Motokazu Ishikawa et al.
CBI学会大会, 2003

"Prediction of Biochemical Reactions using Genetic Programming"
Masahiro Sugimoto et al.
International Conference on Genome Informatics (GIW), 2003

"Prediction of Biochemical Reactions using Genetic Programming" Masahiro Sugimoto et al.
CBI学会大会, 2003

"Prediction of Biochemical Reactions using Genetic Programming"
Masahiro Sugimoto et al.
New Horizons in Molecular Sciences and Systems; An Integrated Approach, 2003

"Prediction of Biochemical Reactions using Genetic Programming"
Masahiro Sugimoto et al.
International Conference on Systems Biology (ICSB), 2003

"Drugable遺伝子の予測システム"
松井浩子、他
第26回日本分子生物学会

"Detecting orthlogous/paralogous genes by comparative analysis of extensively protein sequences of human and animals"
Hiroko Matsui et al.
E.Coli Conference Towards New Biology in the 21th Century, 2003
2004 "Distributed Cell Biology Simulation with E-Cell System"
Masahiro Sugimoto et al.
The First International Workshop on Life Science Grid (LSGRID2004)

"Prediction of Migration Behaviour of Cations in Capillary Electrophoresis - Mass Spectrometry using Artificial Neural Networks"
Masahiro Sugimoto et al.
International Conference on Systems Biology (ICSB), 2004

"三重大学ゲノム情報システムの活用法"
谷嶋成樹
平成16年 第1回三重ゲノム創薬フォーラム
2005 “三重大学EBM研究システムの活用法”
谷嶋 成樹
平成17年 第1回三重ゲノム創薬フォーラム

“生命科学文献高速検索エンジンの開発”
松井 浩子
第28回日本分子生物学会

“Fast retrieval of useful information from literature database”
Hiroko Matsui et al.
International Conference on Genome Informatics (GIW), 2005
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