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用語集(英語)

英語

BLAST

Basic Local Alignment Search Toolの略。配列間の類似性を高速に調べるためのアルゴリズムで、大きな配列のデータベースに対して、クエリーの配列と似た、あるいは同じ配列を検索する際に一般的に用いられている。

ClustalW

複数の配列を入力することで、マルチプルアラインメントを作成することのできるソフトウェア。

DNAチップ

数万個の遺伝子の発現状態を調べるために用いる、ガラス等の基盤上にDNAを多種類スポット状に添付した実験器具。

EST

Expressed Sequence Tagの略。生体中で発現している遺伝子のうち一部分の配列。cDNAライブラリーから単離したクローンからシークエン シングすることで得られる。このESTを大量に登録したデータベースとして、NCBIのdbESTがある。

FASTQ

次世代シーケンサーから出力されるリード配列のフォーマット。1つのファイルに複数のリード配列が出力され、各リードについて、塩基配列と、塩基ごとのベースコールのクオリティーが記述されている。
[参考サイト]FASTQ(Wikipedia)

LIMS

Laboratory Information Management Systemの略。実験機器から出される大量のデータをコンピュータによって管理し、 また、実験機器の制御を行うためのシステム。

MeSH

Medical Subject Headingsの略。米国国立医学図書館(NLM)で作成された文献インデックスおよび文献検索用の医学用語シソーラスである (約50万語彙、23万概念がある)

Primer3

PCRに用いるプライマーを設計するためのソフトウェア。

Rule of 5

Lipinski博士が発見した、経口医薬品に共通して見られる化学的な特性をまとめたもの。logP値が5以下である、分子量が500以下である等、 境界値が5の倍数であるためRule of 5と呼ばれており、大量の化合物ライブラリから医薬品の候補を選び出す際などに利用されている。

SAM/BAM

マッピング結果のフォーマット。一次解析、二次解析それぞれ多数のソフトが存在するため、統一されたフォーマットが必要となった。テキスト形式のSAMだけでなく、バイナリ形式のBAMというフォーマットがあり、BAMでは、データ容量が小さくなるだけではなく、ゲノム上の特定の領域のマッピングを高速に検索することができる。また、SAM/BAMフォーマットを扱うためのツール(SAMtools)が公開されている。
[参考サイト]SAMtools

siRNA

short interfering RNAの略。21bp前後の長さを持つ2本鎖RNAのことで、哺乳類動物等の細胞に導入することで同じ配列を持つ遺伝子の発現を抑制 することができるため、遺伝子の機能を調べる実験で用いられている。

Smith-Waterman

ダイナミックプログラミングを用いて、2つの配列の間の局所的な相同性を解析するためのアルゴリズム。

SNPs

Single Nucleotide Polymorphismsの略。生物個体間でみられる1塩基の多型のこと。人種や個体によって疾患のかかりやすさが遺伝的に異なって いるが、その多くでSNPsが原因となっていると考えられており、世界中でSNPsと疾患との関連が研究されている。

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