三菱スペース・ソフトウエア

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バイオインフォマティクスで
社会に貢献

医療、食品、環境、農業などあらゆる分野にライフサイエンス(生命科学)の活用が広がる現代。
三菱スペース・ソフトウエアは、ゲノム解析をはじめとした基礎研究から遺伝子の機能解明などの研究支援と、
研究成果や研究副産物を利用したインフォマティクス・システム・ソリューションで、
ライフサイエンス分野の発展に貢献しています。

Pick UP Contents

  • 膨大な情報量、複雑なワークフローを統合管理。
    監査証跡もしっかりと残します。

    ラボラトリー情報管理システム

    LabVantageは米国LabVantage Solutions, Inc.の登録商標です。

    詳しくはこちら
  • 遺伝子情報に基づいた最適薬を選択。
    病理医による一貫した精度管理が可能になります。

    がん遺伝子解折サービス 詳しくはこちら

事業・製品情報
三菱スペース・ソフトウエアのバイオインフォマティクス

三菱スペース・ソフトウエアのライフサイエンス事業は、DNA塩基配列データを保管・検索する目的で、
1994年に農業生物資源研究所(現:農業・食品産業技術総合研究機構)に導入された「DNA情報管理利用システム」
のインテグレーションに携わったことから本格化しました。

参画したゲノム解析プロジェクト/システム開発/受託業務

  • ・イネゲノム・プロジェクト
  • ・カイコゲノム・プロジェクト
  • ・ブタゲノム・プロジェクト
  • ・ダイズゲノム・プロジェクト
  • ・ダイコンゲノム・プロジェクト
  • ・ソルガム(モロコシ)ゲノム・プロジェクト
  • ・E-CELLプロジェクト
  • ・DNA情報管理利用システム開発
  • ・バイオ・バンク(検体情報管理)システム
  • ・創薬研究基盤システム
  • ・食品/材料有用微生物の遺伝子解析
  • ・極限環境微生物の遺伝子解析

三菱スペース・ソフトウエアの
バイオインフォマティクス・ソリューション

三菱スペース・ソフトウエアは、基礎的なゲノム解析からオミクス解析まで、
「バイオインフォマティクス」技術でライフサイエンス分野に貢献しています。

要素技術

  • ゲノム解析システム
    インテグレーション
    • ・NGS(次世代シーケンサー)向け大規模ストレージシステム
    • ・NGS(次世代シーケンサー)向け大規模ゲノム解析システム
    • ・ゲノム解析用超並列サーバーシステム
  • ゲノム解析技術
    【相同性検索(ホモロジー・サーチ)技術】

    BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)やFASTAなど、遺伝子の構造、機能を推測するために塩基配列の類似性を見つけ出します。

    【オミクス技術】
    ・Genomics(ゲノミクス):DNA 塩基配列の網羅的解析(ゲノム解析)
    BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)やFASTAなど、遺伝子の構造、機能を推測するために塩基配列の類似性を見つけ出します。
    ・Transcriptomics(トランスクリプトミクス):mRNAの網羅的解析(トランスクリプトーム解析)
    遺伝子の発現状況をmRNA量で解析します。
    ・Proteomics(プロテオミクス):タンパク質の網羅的解析(プロテオーム解析)
    ゲノム(遺伝子)によって発現したタンパクの構造と機能を解析します。
    ・Metabolomics(メタボロミクス)
    細胞の活動によって生じる特異的な分子を網羅的に解析する。

技術レポート

テクニカル・アーカイブ「MSS技報」をご覧ください。

  • がんゲノムデータ解析:
    臨床現場への実装

    近年のがん遺伝子研究の発展により治療法は化学療法薬からがん遺伝子やがん遺伝子変異をターゲットにした分子標的薬中心の時代に向けて急速に変化している。さらに最新の治療法である免疫チェックポイント阻害剤はがん細胞にみられる高頻度の遺伝子変異に対する免疫反応を利用している。そのため、がんの遺伝子変異状態を検査することで患者にこれまでにない最適な治療を提案できる可能性がでてきた。当社では、これらの臨床現場からのニーズに対応できる「がんゲノムデータ解析サービス」を構築した。このサービスは、これまで生命科学基礎研究分野の支援事業で培ったバイオインフォマティクスを最大限活用し、治療方針の決定に必要な遺伝子変異情報を医師に対してわかりやすく、すばやく提供することが可能である。また、このサービスではインターネットから分離したセキュアな環境で自動的に解析を行うことができ、安全かつすみやかに情報を提供することを可能にしている。
    本稿では当社で提供するがんゲノムデータ解析サービスについて紹介を行う。

    Vol.27 2017.2.10

    詳しくはこちら(1.8MB)
  • ラボラトリー情報管理システム(LIMS)
    「LabVantage」の紹介

    各種研究所(以下、「ラボ」という。)や工場全体の情報及びワークフローを管理するシステムであるラボラトリー情報管理システム(Laboratory Information Management System: 以下「LIMS」と称す)を紹介する。我々は米国LabVantage社のLIMS製品「LabVantage」をこれまでに大学、病院及び企業へ販売し、LIMS構築のノウハウを蓄積してきた。本稿ではLIMSのシステム概要を始めとして、「LabVantage」が有している機能についての紹介を行なう。

    Vol.26 2016.3.22

    詳しくはこちら(1.4MB)
  • ゲノム情報の臨床への応用展開
    におけるセキュリティー技術の紹介

    医療分野で開発が進められている個別化医療では、個人のヒトゲノムを解析したゲノム変異データを安全に保管しつつ診断に必要な情報を的確に医師に提供するセキュリティー技術が求められている。当社では、三菱電機株式会社が開発した秘匿検索技術を応用した暗号化技術により、ゲノム変異データの安全な利用を実現する技術開発に取り組んでいる。本稿では、秘匿検索に用いられる暗号化技術の特徴を説明し、個別化医療への対応について紹介する。

    Vol.26 2016.3.22

    詳しくはこちら(5.0MB)
  • 大規模ゲノム解析パイプラインの構築

    ゲノム診断技術は次世代ゲノムシークエンス手法の発展とともに急速に進化している。近い将来には全ゲノム解析(WGS:Whole Genome Sequencing)がゲノム診断の主流になり、医療施設において大規模なデータ解析が行われることが予想されることから、我々は高速かつ安定した動作の全ゲノム解析パイプラインの開発を進めている。本稿では、当社製品である「GenomeJack」に用いられている全ゲノムデータ解析技術について説明し、合わせて簡単な解析事例(がんゲノム解析)を紹介する。

    Vol.25 2015.1.31

    詳しくはこちら(812KB)
  • 創薬研究向け
    統合データウエアハウスシステム
    ”TargetMine”の紹介

    創薬研究のためのデータウエアハウスシステム“TargetMine”を紹介する。TargetMineは、世界の研究機関が公開している、遺伝子、タンパク質構造、疾患、医薬品等、創薬研究に関わる計23のデータベースを1つの統合されたオブジェクト指向データモデルに格納し、Webインターフェースによる簡便な操作により、情報の抽出、解析ができるシステムである。TargetMineはデータウエアハウスの考えに基づき構築されており、ベースとなった汎用データウエアハウス構築フレームワークInterMineについても併せて紹介する。現在、非商用目的であれば、TargetMineはhttp://www.mss.co.jp/businessfield/bioinformatics/solution/products/targetmine/index.htmlから自由に利用することができる。

    Vol.23 2013.2.28

    詳しくはこちら(706KB)
  • オミックスアプローチと
    高速DNAシーケンシング技術
    が解き明かす次世代の植物科学

    近年の実験分子生物学における手法・技術のブレイクスルーによって、広くライフサイエンス分野全般において新しい研究スタイルが確立しつつある。本稿では「オミックスアプローチ」と「高速DNAシーケンシング技術」を解説し、植物科学分野でこれらの技術を活用して得られた成果をいくつか紹介する。

    Vol.23 2013.2.28

    詳しくはこちら(405KB)
  • 次世代ゲノムブラウザー
    GenomeJackの開発

    我々は、次世代ゲノムシーケンサに対応した全く新しいゲノムブラウザーGenomeJackを開発している。GenomeJackは、次世代シーケンサのマッピング済みリードデータおよび全ゲノムシーケンス、エクソーム、トランスクリプトームおよび変異解析に用いられるソフトウエアツールの結果を簡単な操作で閲覧することができるJavaアプリケーションである。GenomeJackは当社ダウンロードページ(http://genomejack.net/japanese/gj_download.html)よりダウンロードして誰でも無償で使用することができる。

    Vol.22 2012.3.30

    詳しくはこちら(1,295KB)
  • 「KAIKObase:
    カイコゲノム統合データベース」
    の紹介

    カイコは、農業に多大な被害を与える農業害虫が多く含まれる鱗翅(チョウ)目に属し、カイコゲノム解読は、殺虫剤を含む新しい防除に関する方法の開発などに役立つと期待されている。カイコゲノム研究は、日本、中国共同で研究が進められ、その成果が2008年に公開された。これらの公開されたデータを見易く使い易い形で、研究者や一般の方々に提供するために作られた「KAIKObase:カイコゲノム統合データベース」について紹介する。

    Vol.21 2010.12.15

    詳しくはこちら(518KB)
  • ゲノムインフォマティクスの展開
    -大規模ゲノム配列解析から
    機能解明とオーミクスへ向けて

    ゲノムインフォマティクスの展開を、大規模ゲノム解析、ゲノム機能解明、オーミクスの三つの領域に分け、著者らが所属していた部門が開発に携わったソフトウエアと共に概観した。大規模ゲノム解析の領域では、工程の制御・管理や効率的な情報提供を目指した工学的なソフトウエアが有効であった。ゲノム機能解明の領域では、Webベースのゲノム解析システムが機能研究において研究の進展に寄与してきた。オーミクスの領域では、複数の生物学的階層データを統合的に収納・管理するデータベースのスキーマ、時間プロファイルデータから遺伝子相互作用を解析する方法の見通しが得られた。

    Vol.20 2009.10.31

    詳しくはこちら(352KB)
  • PowerGeneデータベースの構築

    ここ数年でDNAマイクロアレイを使った遺伝子発現解析は分子生物学研究において必須の実験手法となった。DNAマイクロアレイによる遺伝子発現データの蓄積が進むに伴い、発現データをコンピューター上で解析するプロセスもルーチン化されてきた。しかし、多数の遺伝子発現データだけから生物学的意味があるのかを突き止めることは非常に困難であり、研究者はゲノム、遺伝子、蛋白質、代謝といった世界中のデータベースを検索して、膨大な数にのぼる遺伝子プローブに関する知識を検索し、そこから意味があると思われるキーワードを抽出するという方法で遺伝子の機能を探り始めた。そのため、我々はこの課題において研究者を強力に支援する情報提供を行うことができる遺伝子発現プローブの翻訳/転写産物に関する知識を集約したデータベースPowerGeneを構築した。PowerGeneは当社製品BioINTEGRAの技術を使って構築されたデータベースであり、遺伝子発現プローブとそれに関する遺伝子のあらゆる情報を集約したWebサービスである。公共データベースは日々更新されるため、最新のデータを保つため自動アップデート機能を備え、Webインタフェースによる検索、保存、公開機能を実現した。最後にPowerGeneの情報を活用した知識抽出手段に関して考察し、自動アノテーションとマイニングプログラムにおける利用方法を示した。これは発現情報から遺伝子クラスタの機能を推定できるキーワードの抽出が可能な画期的な方法論である。

    Vol.18 2007.3.31

    詳しくはこちら(415KB)
  • siRNA配列設計システム
    “SISNIPER”の開発

    近年、遺伝子機能解析を行うための方法として、RNAi(RNA interference)が注目を浴びている。RNAiは、細胞や生体内の標的となるmRNAと相補的な20数塩基程度の2本鎖RNAである“siRNA(short interfering RNA)”を細胞内に導入することで、mRNAを破壊し遺伝子の機能解析を行う技術である。RNAiに用いるsiRNAには配列設計が重要な役割を果たし、そのための専用ソフトウエアを試薬合成メーカー等が提供しているが、設計精度の点で問題が指摘されていた。そこで我々は高精度なsiRNA配列設計システムの開発を目標として大阪大学、産業技術総合研究所、ジェノミディア社と共にコンソーシアムを結成し、その開発成果として、siRNA配列設計システム-SISNIPER-を完成させた。
     SISNIPERは、遺伝子治療のベンチャー企業であるジェノミディア社(アンジェスMGグループ)から提供を受けたRNAi実験データの解析結果から生み出された設計アルゴリズムを用いている。このアルゴリズムは、GC含量(GC Score)、RISCへの導入効率(Load Score)、塩基位置(Position Score)、off-target effect(Specificity Score)、活性プロファイル適合度(Profile Score)という5つの基準を用いて各siRNA候補配列をスコア付けすることで活性を予測し、有効なsiRNAを選択するというものである。このうち活性プロファイル適合度の計算は、活性のあるsiRNAの配列の特徴を利用したプロファイルに基づいた予測を行うものであり、既存のソフトウエアには見られない新しい手法である。システムとしての実装に当たっては、コアアルゴリズム以外に、ユーザーごとの設計結果保存機能や、PDF出力機能、プロファイルの自動生成機能等の利便性を高めるための機能を付加した。

    Vol.17 2006.7.31

    詳しくはこちら(445KB)

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